組織図
現在の組織（2015年7月現在）
| 理事長 | 亀山 章 （東京農工大学名誉教授／造園学・景観生態学・環境緑化工学） |
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| 事務局 | 保護プロジェクト部、保全研究部、教育普及部、広報・編集部、管理部 |
組織図
自然保護部
- 保護室：全国各地の自然保護問題への対応 ほか
- 生物多様性保全室：絶滅危惧種と生息地保全 ほか
- エコシステムマネジメント室：保護地域管理・自然を活かした地域づくり ほか
- 市民活動推進室：自然観察指導員養成・講習会・市民科学推進・地域創生事業 ほか
経営企画部
- 自然のちから推進室：法人・企業連携活動 ほか
- 広報室：広報・WEBサイト ほか
- 会員連携室：会員サービス・通販・会報 ほか
- 総務室：会員管理・経理・法人運営 ほか