草本植物を主な対象として、生態系の基盤をなす植物の相を把握するとともに、開発や管理放棄、外来種による影響を把握する。

調査ルートを設定し、月に1回、花や実など有性繁殖器官のみられる植物（主に草本）の種名を記録する。

生態系で多様な役割を担う鳥類を把握するとともに、それを通じて異なる景観スケールでの環境変化を把握する。

繁殖期と越冬期に、調査ルート上の半径50m以内で確認された鳥類の種名・個体数を記録する。

生態系ピラミッドに大きな影響を与える中・大型哺乳類を把握するとともに、サイト周辺を含めた広域的な環境変化を把握する。

春から秋にかけて、赤外線センサー付き自動撮影カメラを使用して、中・大型哺乳類の相と個体密度を記録する。

定期的な刈取り管理・撹乱をうける草地の分布（面積や連続性）を評価する。

初夏と秋に、「球巣」の確認により、カヤネズミの営巣区画の分布を記録する。

浅い水域と森林の連続性を評価する。

春先にアカガエル類（ヤマアカガエル・エゾアカガエル・ニホンアカガエル）の卵塊総数を記録する。

森林や草地の植生の状態を評価する。

月に1～2回、調査ルート上の半径5m以内で確認されたチョウ類の種名・個体数を記録する。

水辺の複合的な環境条件（岸辺・水質・集水域・景観などの環境条件）を評価する。

ゲンジボタル・ヘイケボタルの飛翔成虫の分布と、発生ピーク時の個体数を記録する。

サイト内の相観植生のタイプと空間構造を把握するとともに、景観レベルでの人為的インパクトの影響を評価する。

相観植生図を作成し、各植生の凡例面積を記録する。

生態系の基盤としての水環境の特性を把握するとともに、集水域での土地利用変化の影響を把握する。

調査地点ごとの水位・流量、水温、水色、pH、透視度を記録する（毎月～年4回）。